中國科學院沈陽應用生態研究所的前身是中國科學院林業土壤研究所，成立于1954年，是以森林、土壤、植物、微生物與環境科學為基礎的生物學地學研究所，1987年更名為中國科學院沈陽應用生態所，現已發展成為東北地區資源、環境與農業可持續發展的研究基地。

　　沈陽應用生態所以主要陸地生態系統為研究對象，針對林業和農業可持續發展、生態環境建設中急需解決的重大問題和應用生態學的發展需要，在森林生態與林業生態工程、土壤生態與農業生態工程領域開展應用基礎性研究工作，豐富和發展森林生態學和農田生態學基礎理論，為我國主要退化生態系統恢復重建、改善生態環境、保障食物安全提供科學依據和關鍵技術。

　　沈陽應用生態所的研究方向包括：森林生態系統生物多樣性、森林生態系統生態過程、森林生態系統管理與調控、退化森林生態系統恢復與重建、森林景觀變化對環境的影響與反饋、土壤酶學與新型緩釋控釋肥料研制、土壤環境與污染土壤修復、農田生態系統物質循環與調控、農田生態系統健康綠色食品開發、微生物資源與農業生物技術。

　　沈陽應用生態所研究生部設有生態學、微生物學、土壤學碩士、博士學位授予點和植物學碩士學位授予點，并設有生態學、微生物學博士后流動站，是我國生態科學高層次專門人才的重要培養基地。沈陽應用生態所先后有4位科學家當選位中國科學院院士或中國工程院院士。